В университете сложились крупные научные школы, возглавляемые ведущими учеными Чувашского госуниверситета и внесшими значительный вклад в развитие науки республики и региона практически во всех отраслях знаний:

Научная школа «Электромеханика и электрические аппараты, электротехнические комплексы и системы» - руководители  д.т.н., проф. Нестерин В.А.,  д.т.н., проф. Афанасьев А.А.;

Научная школа «Повышение эффективности электротехнологических процессов и установок» - руководитель д.т.н., проф. Миронов Ю.М.;

Научная школа «Релейная защита и автоматика электроэнергетических систем (РЗА ЭС)» - руководитель д.т.н., проф. Лямец Ю.Я.

Научная школа «Динамика устройств и систем силовой электроники» - руководитель д.т.н., проф. Белов Г.А.;

Научная школа «Элементы и устройства вычислительной техники и систем управления, математическое моделирование, численные методы и комплексы программ» - руководители  д.т.н., проф. Пряников В.С. и  д.ф.-м.н., проф. Артемьев И.Т.;

Научная школа «Инновационные основы модернизации региональной экономики» - руководитель д.э.н., проф. Яковлев А.Е.;

Научная школа «История и этнология народов России» - руководители д.и.н., проф. Бойко И.И., д.и.н. Широков О.Н.,  д.и.н., проф. Минеева Е.К.;

Научная школа «Сравнительно-сопоставительное изучение литературы народов Урало-Поволжья» - руководитель д.филол.н., проф. Родионов В.Г.;

Научная школа «Теория и методика обучения и воспитания (по областям и уровням образования)»- руководители д.пед.н., проф. Мерлина Н.И. и  д.пед.н., проф. Кириллова О.В.;

Научная школа «Устойчивое развитие территориальных систем» - руководитель д.геогр.н., проф. Архипов Ю.Р.;

Научная школа «Изучение структурно-семантического и функционального состояния и развития языков в Республиках Урало-Поволжья» - руководитель  д.филол.н., проф. Корнилов Г.Е.;

Научная школа «Межкультурный аспект в современной теории переводоведения»;

Научная школа «Полимеры нового поколения на основе реакционноспособных мономеров и олигомеров» - руководитель д.х.н., проф. Кольцов Н.И.;

Научная школа «Химия полинитрильных соединений» - руководитель д.х.н., проф. Насакин О.Е.;

Научная школа «Геохимическая экология болезней» - руководитель д.м.н., проф. Сусликов В.Л.;

Научная школа «Региональные особенности репродуктивного здоровья женщин Чувашской Республики» - руководитель д.м.н., проф. Самойлова А.В.;

Научная школа «Щадящие малоинвазивные методы лечения переломов» - руководитель д.м.н., проф. Бойков В.П.;

Научная школа «Нейроамины в автономной регуляции внутренних органов» - руководитель д.б.н., проф. Любовцева Л.А.;

Научная школа «Эпидемиология, этнотерриториальные особенности наследственных болезней у детей Чувашской Республики» - руководитель д.м.н., проф. Краснов М.В.;

Научная школа «Морфофункциональное состояние иммуноэндокринных органов в условия иммунодефицита и его коррекции» - руководитель  д.м.н., проф. Меркулова Л.М.;

Научная школа «Ранняя диагностика и лечение постгастрэктомических синдромов и их сочетанных форм» - руководитель  д.м.н., проф. Волков В.Е.

Научная школа «Физика горения и методы ее исследования» - руководители д.т.н., проф. Афанасьев В.В. и д.ф.-м..н., проф. Абруков В.С.